Die erste urkundliche Erwähnung Kinzenburgs stammt aus dem Jahr 1570. Bis zum Ende der Feudalzeit gehörte der Ort zum Kondominium Pronsfeld. In preußischer Zeit wurde Kinzenburg von der Bürgermeisterei Leidenborn verwaltet. Anfang des Jahrhunderts erhiet der Ort einen eigenen Bahnanschluß, heute ist die Strecke jedoch längst wieder stillgelegt und abgebaut.