Die Namensendung "-scheid" deutet auf eine Entstehung des heutigen Ortes in der späten mittelalterlichen Rodungsphase hin. Die erste urkundliche Nennung als "Merhelscheit" stammt aus dem Jahr 1459. Die Häuser von Merlscheid gehörten in der Feudalzeit zum kurtrierischen Amt Kyllburg, während die Ortsflur zum Konmdominium Pronsfeld gehörten. Unter preußischer Regierung gehörte der Ort zunächst zur Bürgermeisterei Lünebach und später zum Amt Waxweiler.